Kartografska zbirka sadrži najvećim dijelom povijesne karte na kojima je prikazan istarski poluotok. Iako zbirka nema kvantitativno veliki fundus, u njoj su pohranjeni značajni predmeti za povijesnu baštinu Istre, od kraja XVI. st. do prve polovine XX. st., od kojih su neki i izuzetno raritetni. U Zbirci se čuvaju Valvazorove vedute istarskih mjesta; a najstariji je predmet veduta grada Poreča E. Reuwicha s početka XVI. st., objavljena u Breydenbachovu djelu Peregrinatio in terram sanctam. U fundusu postoje povijesne karte brojnih značajnih europskih kartografa: S. Münstera, G. A. Maginija, G. Salmona, G. Mercatora, V. M. Coronellija, J. B. Homanna, C. de Jodea, C. F. Beautamps-Beauprea, A. Hirsvogelija i dr.
